Erstmals wird Malkwitz in einer kirchlichen Urkunde vom 26.5.1311 erwähnt. In den ersten Urkunden wurde unser Ort immer Malkewitz geschrieben, später aber Malkwitz genannt.
Nach Robert Härtwig (Sächs.Staatsarchiv Bd. 39) haben die Dörfer Malkwitz, Calbitz/Kötitz bereits früher bestanden. Sie sollen 1002 von eingefallenen Polen zerstört und nach dem Wiederaufbau vom Polenkönig Bolislaw im Jahre 1012 abermals vernichtet worden sein.
Bis 1559 gehörte Malkwitz als Filialkirche zu Luppa. Ein Rest des alten Kirchweges ist heute noch vorhanden und führt an der Westseite des Dorfes am Garten Schneider entlang. Auf einer Kirchenvisitation im Jahre 1559 wurde dieses Filialverhältnis gelöst und Malkwitz an Calbitz verwiesen.
Kurz nach Ostern des Jahres 1569 brannten vom Dorfe Malkwitz 36 Häuser und die Kirche nieder, an deren Stelle um 1570 eine neue gebaut wurde. Diese Kirche ist unsere heutige und somit 430 Jahre alt. Sie wurde allerdings 1775 umgebaut und zum Teil erneuert, an der Ostseite durch einen Anbau vergrößert , und als erstes Gebäude des Ortes mit Dachziegeln eingedeckt.
In den Jahren 1696 und 1745 wüteten wieder große Feuersbrünste im Ort.
Zwei Wolkenbrüche mit Hagelschlag vernichteten 1752 und 1811 fast das gesamte Hab und Gut der Einheimischen. Im letzt genannten Jahr waren die Schäden so groß, daß sogar die Leistungen für militärische Zwecke um 122 Taler, 3 Groschen und 7 ¾ Pfennig herabgesetzt wurden.
Um 1825 hat Malkwitz 47 Häuser und 220 Einwohner, darunter 12 Pferdner, 23 Kleinanspänner und 8 Häusler, außerdem gehören eine Wassermühle und eine Windmühle zum Dorfe.
Die Einwohner besaßen:
72 Pferde
86 Ochsen
123 Kühe
319 Schafe
13 Scheffel Garten
1031 Scheffel Acker
115 Scheffel Wiese
142 Scheffel Holzland und
95 Scheffel Gemeindeanwesen mit Anger, Büschen, Sand – und Kiesgruben.
Um die Jahrhundertwende gliederte sich das Dorf Malkwitz in den eigentlichen Ort und den Ortsteil „Bahnhof Dahlen“, der sich bis zur alten Hainstraße erstreckt. Im Ortsteil waren ansässig das Bahnhofsgebäude, das Postamt, das Bahnhofshotel, das Gasthaus „Stadt Altenburg“, das staatliche Bahngut, die Kartoffelflockenfabrik, Getreide-und Kohlenhandlungen, Pferdehandlungen, sowie eine Anzahl Lagerräume und Bahnschuppen.
Besonders zu erwähnen ist noch die Villa Malkwitz, ein schloßähnliches Gebäude mit herrlichem Park und Palmengarten, einst der Frau Dr. Busch-Frohberg gehörig. Diese Villa liegt an der Staatsstraße Luppa-Dahlen unmittelbar am Ortsteil „Bahnhof Dahlen“.
Während der Ortsteil mehr industriellen Einschlag zeigt, trägt das eigentliche Dorf Malkwitz rein landwirtschaftlichen Charakter. Eng aneinander geschlossen wie eine große Familie liegen die Bauernhöfe zusammen und hinter ihnen breiten sich die Gärten, Wiesen und Felder aus.